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Les réserves fauniques constituent des lieux privilégiés pour l'acquisition de connaissances et de savoir-faire en matière de conservation et de gestion de la faune et des habitats. C'est pourquoi des universités et cégeps y réalisent des projets de recherche sur la faune aquatique et terrestre en vue de mieux connaître la dynamique des populations animales et le fonctionnement des habitats. Toutefois, tout projet de recherche ou d'aménagement dans les réserves fauniques doit préalablement être autorisé par le ministère de l'Environnement, de la Lutte contre les changements climatiques, de la Faune et des Parcs (MELCCFP), responsable de la gestion de la faune au Québec.
Dans les réserves fauniques, la protection et l'amélioration des populations d'espèces de poissons indigènes d'intérêt sportif sont prioritaires. Au fil des ans, des centaines de lacs font l'objet de diagnoses. Ces études servent à mieux connaître les populations de poissons de ces lacs et les caractéristiques de leur habitat. Elles permettent, entre autres, de cibler les endroits les plus stratégiques des lacs et de mesurer leur efficacité pour la reproduction des espèces dites sportives dans le but de mieux les protéger ou les restaurer quand c'est pertinent. Plusieurs travaux de recherche ont été effectués sur certaines espèces et leur habitat, notamment pour l'omble de fontaine.
De nombreux aménagements ont été réalisés à ce jour dans les réserves fauniques en vue de restaurer ou d'améliorer la productivité de certains lacs ou frayères. Chaque réserve faunique possède un plan directeur qui cible et oriente les interventions liées à la protection ou à l'amélioration de l'habitat du poisson. Des efforts sont également investis dans l'entretien périodique des frayères aménagées afin de s'assurer qu'elles demeurent fonctionnelles et efficaces.
Les populations d'orignaux des réserves fauniques font l'objet d'inventaires aériens souvent réalisés en partenariat Sépaq - MELCCFP. Ce sont les biologistes du MELCCFP qui réalisent ces inventaires compte tenu de leur grande expertise en la matière. Les inventaires servent à mesurer l'évolution de la densité des populations d'orignaux et à connaître leur composition. Le résultat de ces inventaires influence le contingentement de la chasse à l'orignal.
Dans certaines réserves fauniques, des salines et des travaux visant l'amélioration de l'accès et de la visibilité du gibier dans des secteurs de chasse sont aménagés. De plus, quelques projets de recherche sont réalisés pour mieux moduler l'aménagement forestier aux besoins d'habitat de certaines espèces fauniques terrestres. Enfin, des projets d'aménagement forestier adapté au besoin d'habitat de la gélinotte huppée sont en cours dans quelques réserves fauniques.
Les réserves fauniques sont localisées sur les terres du domaine de l’État. Grâce à son historique, à ses richesses naturelles et à sa biodiversité, ces territoires publics constituent un patrimoine collectif inestimable du Québec depuis plus d’un siècle dans certains cas. Dans les réserves fauniques, c’est le gouvernement du Québec qui gère l’utilisation polyvalente et durable des ressources naturelles pour contribuer au développement économique, social et environnemental de la société québécoise.
Sur le territoire des réserves fauniques gérées par la Sépaq, la gestion des ressources naturelles (forêt, mine, pétrole et gaz, énergie hydraulique et éolienne) est aussi sous la gouverne de l’État, soit particulièrement le ministère des Ressources naturelles et des Forêts (MRNF). La Sépaq a pour mandat de gérer les activités de prélèvement sportif de la faune (chasse et pêche) et les activités récréatives. À cet effet, la Sépaq n’est donc pas responsable de la planification et de l’exploitation des ressources naturelles sur son territoire. Il apparait donc essentiel pour la Sépaq de collaborer avec les autres utilisateurs du territoire des réserves fauniques pour harmoniser ses opérations de conservation et de mise en valeur de la faune ainsi que ses activités récréatives avec l’exploitation des ressources naturelles.
La Sépaq investit beaucoup d’effort en vue d’harmoniser la planification et l’exploitation des ressources forestières en fonction de la vocation distinctive des réserves fauniques, du mandat qui lui a été confié par l’État et des enjeux qui en découlent. Depuis l’entrée en vigueur d’un nouveau régime forestier en 2013, une des responsabilités du MRNF est d’élaborer des plans d’aménagement forestier intégré (PAFI) tactiques et opérationnels à l’échelle de chaque unité d’aménagement forestier du Québec. Ces plans sont élaborés en fonction de la possibilité forestière calculée par le Forestier en chef (FEC) ainsi que des objectifs locaux d’aménagement issus des tables locales de gestion intégrée des ressources et du territoire (TLGIRTs) qui ont été retenus par le MRNF. Également, ces plans doivent être compatibles avec les orientations et les objectifs poursuivis par le gouvernement aux plans d’affectation du territoire public régionaux (PATP) ainsi que les objectifs d’aménagement durable des forêts tels qu’inscrits à la Loi sur l’aménagement durable du territoire forestier (LADTF) et à la Stratégie d’aménagement durable des forêts (SADF). Suite à cet exercice, des discussions ont cours entre la Sépaq, le MRNF et les bénéficiaires de garantie d'approvisionnement désignés (BGAD). L’objectif est d’intégrer, tant dans la planification que dans les interventions forestières sur le terrain, des mesures et/ou des modalités faune-forêt-récréotourisme visant à minimiser les conflits d’usage, les impacts non désirés sur la faune, le paysage et sur l’ambiance entourant la pratique des activités fauniques et récréatives dans les réserves fauniques de la Sépaq.
En 2009, la Sépaq a décidé de contribuer aux défis et aux objectifs du nouveau régime forestier en développant des outils exprimant ses besoins dans les domaines fauniques et touristiques en langage forestier afin que les gestionnaires des réserves fauniques puissent mieux exprimer leurs besoins aux aménagistes du MRNF dans l’harmonisation de la planification forestière.
La Sépaq bénéficie depuis de nombreuses années d’une aide financière via le Programme de gestion intégrée des ressources pour l’aménagement forestier durable de la faune en milieu forestier de la Fondation de la faune du Québec. Ce soutien lui permet d’engager une ressource pour mieux structurer les enjeux des réserves fauniques et les besoins de ses clientèles dans le contexte actuel du régime forestier. Ce programme a pour objectif de favoriser une meilleure intégration des besoins de la faune exploitée en milieu forestier dans le cadre des différents exercices de planification forestière. Il a permis à la Sépaq de réaliser plusieurs projets lui permettant de mieux soutenir les gestionnaires des réserves fauniques dans leurs discussions avec les partenaires forestiers et de proposer aux aménagistes du MRNF des outils, des modalités ou des mesures adaptées au contexte des réserves fauniques. Les projets qui ont été réalisés sont présentés ci-dessous et sont accessibles pour consultation.
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