La réserve faunique de Matane procède à l'aménagement de frayères et à la stabilisation du niveau d'eau de certains plans d'eau par la construction de petites digues dans le but d'augmenter le potentiel de pêche à l'omble de fontaine. L'aménagement de sentiers pour la pêche en ruisseau vise également cet objectif.
La forêt de la réserve faunique de Matane est exploitée par l'industrie forestière en vertu de contrats d'approvisionnement et d'aménagement forestier (CAAF) accordés par le ministère des Ressources naturelles et de la Faune du Québec. Dans le souci de mieux harmoniser les pratiques forestières avec les activités offertes dans la réserve, des discussions sont initiées par la Sépaq auprès de l'industrie pour que soient appliquées des mesures visant à minimiser les conflits d'usage et les impacts sur la biodiversité, le paysage et l'ambiance entourant ces activités récréatives.
Depuis 2006, des nouvelles mesures de mitigation sur les dégagements de plantations ont été instaurées sur l'ensemble de la réserve. Ces mesures ont été implantées afin de favoriser au maximum la repousse des jeunes feuillus, ces derniers étant la principale nourriture de l'orignal.
Étant donné qu'un déséquilibre entre la population d'orignaux et la capacité de support de son habitat a été clairement identifié, les autorités ont élaboré un plan d'augmentation de prélèvement des orignaux. De ce fait, plusieurs séjours de chasse à l'orignal ont été ajoutés à l'offre générale de la réserve au cours des dernières années.