Une tarification d'accès est en vigueur dans le réseau Parcs Québec depuis avril 2001. Celle-ci prend la forme d'un tarif quotidien, d'une carte annuelle Parc ou d'une carte annuelle Réseau.
Au parc national de Miguasha, le tarif quotidien, la carte Parc et la carte Réseau donnent accès au territoire du parc, que ce soit pour profiter du sentier de randonnée pédestre " L'évolution de la vie ", pour pique-niquer ou pour aller sur la plage bordant la falaise fossilifère.
Une tarification spécifique a été mise en place pour entrer au Musée d'histoire naturelle du parc. Cette tarification permet de profiter des activités d'éducation, telles que la visite guidée de l'exposition permanente, les causeries à l'amphithéâtre ou sur la plage et la visite de la salle d'exposition temporaire. Les détenteurs de carte Parc ou Réseau doivent débourser la différence entre le tarif de base quotidien et la tarification spécifique du musée pour participer à ces activités d'éducation.
Les groupes scolaires bénéficient d'une exemption de tarification, tant pour l'accès au parc que pour l'entrée au musée.
Il n'est pas nécessaire de se procurer une autorisation d'accès pour fréquenter le restaurant Le Dévonien et à la boutique L'Échoppe.