Un parc national est créé pour protéger des milieux naturels représentatifs ou particuliers et des paysages d'une région. Ces territoires doivent aussi être mis en valeur par l'interprétation du patrimoine naturel et culturel et par des activités de plein air extensives. Les enjeux de conservation découlent alors de la recherche de l'équilibre entre la protection et l'accessibilité de ces aires protégées.
Le parc national de la Jacques-Cartier est un grand parc relativement peu fragmenté et caractérisé par un élément marquant de son paysage naturel, soit la vallée de la rivière Jacques-Cartier. La présence de la rivière elle-même et des habitats qui la bordent font de la vallée un écosystème riche et relativement isolé. Il n'est alors pas surprenant que ce soit dans celle-ci que se concentre la majorité des activités et de l'achalandage du parc. L'enjeu de conservation est donc assez clair : s'assurer que les infrastructures permettant l'accessibilité à la vallée ainsi que les activités qui y sont pratiquées occasionnent un impact minimal sur le milieu. Pour cette raison, l'équipe du parc est constamment en mode de surveillance et d'évaluation de la qualité de ses aménagements et des activités pratiquées dans la vallée.
Récemment, une autre préoccupation est apparue juste à la limite du parc, soit l'élargissement de la route 175. La présence d'une telle infrastructure ne se fait pas sans impacts sur l'écosystème, particulièrement pour la grande faune. Nous suivons donc cette question avec beaucoup d'intérêt.
Pour faire face aux enjeux de conservation, la première étape est de bien connaître le territoire sous notre gestion. Toutes ces informations sont compilées dans la Synthèse des connaissances du parc qui compile l'ensemble de ce qui est connu sur le milieu naturel et sur l'histoire du territoire. Cette synthèse est mise à jour périodiquement afin d'y intégrer toutes les nouvelles données issues des activités d'acquisition de connaissances.
Pour réaliser des gestes concrets visant à enrichir nos connaissances et à gérer adéquatement le milieu, nous sommes à mettre en place notre plan de conservation. Ce dernier identifie et priorise tous les enjeux de conservation du parc et les actions à prendre pour faire face aux problématiques identifiées.
Finalement, le parc dispose d'un plan de protection qui identifie et encadre les problématiques spécifiques à l'application réglementaire.
L'omble chevalier, communément appelé truite rouge, vit et se reproduit dans certains lacs du parc.

Pêche expérimentale au lac Fragasso pour le suivi de l'omble chevalier
Présent dans plusieurs lacs situés au sud du 55e parallèle, sa population diminue depuis plusieurs années et l'espèce figure sur la liste des espèces susceptibles d'être désignées menacées ou vulnérables. Un suivi de la population est en cours afin de vérifier les paramètres physico-chimiques des lacs, d'évaluer l'état de la population et la pérennité des stocks.
Des efforts sont également déployés auprès des pêcheurs afin qu'ils soient en mesure de différencier cette espèce de l'omble de fontaine. Jusqu'à maintenant, les résultats nous démontrent que la population est relativement stable. Une baisse du quota de pêche de l'omble chevalier ou même l'interdiction de pêcher l'espèce pourraient être envisagés si nous constatons une baisse de population ou un problème de reproduction.