Un parc national est créé pour protéger des milieux naturels représentatifs ou particuliers et des paysages d'une région. Ces territoires doivent aussi être mis en valeur par l'interprétation du patrimoine naturel et culturel et par des activités de plein air extensives. Les enjeux de conservation découlent alors de la recherche de l'équilibre entre la protection et l'accessibilité de ces aires protégées.
Au parc national de l'Île-Bonaventure-et-du-Rocher-Percé, un enjeu particulier est notamment l'importance du lieu comme site de nidification pour plusieurs espèces d'oiseaux marins. Le parc constitue un habitat essentiel pour ces espèces qui font face à de nombreuses pressions humaines à l'extérieur du parc.
La conservation et la protection du patrimoine bâti sont également des enjeux importants puisque ces bâtiments témoignent de l'histoire locale. À une certaine époque, Percé a été le plus important poste de pêche de la région.
Une autre préoccupation significative est la question de la sécurité dans le secteur Rocher-Percé, où l'érosion provoque chaque année la chute de plusieurs centaines de tonnes de roches. Une accentuation de l'érosion est d'ailleurs observée depuis quelques années. C'est pour cette raison qu'une sensibilisation accrue est faite auprès de la clientèle du parc afin de l'informer des risques associés à ce secteur.
Pour faire face aux enjeux de conservation, la première étape est de bien connaître le territoire sous notre gestion. Toutes ces informations sont compilées dans la Synthèse des connaissances du parc qui compile l'ensemble de ce qui est connu sur le milieu naturel et sur l'histoire du territoire. Cette synthèse est mise à jour périodiquement afin d'y intégrer toutes les nouvelles données issues des activités d'acquisition de connaissances.
Pour réaliser des gestes concrets visant à enrichir nos connaissances et à gérer adéquatement le milieu, nous sommes à mettre en place notre plan de conservation. Ce dernier identifie et priorise tous les enjeux de conservation du parc et les actions à prendre pour faire face aux problématiques identifiées.
Finalement, le parc dispose d'un plan de protection qui identifie et encadre les problématiques spécifiques à l'application réglementaire.
Des épidémies d'insectes ont sévi sur l'île Bonaventure entre 1998 et 2003, détruisant près de la moitié de la forêt.

Le long du sentier des colonies
Le responsable de ces mortalités est la dendroctone de l'épinette, un petit insecte de la famille des coléoptères. Les épidémies d'insectes sont un phénomène naturel bénéfique pour la forêt. Elles causent la mortalité des arbres vieux et malades, permettant ainsi à la forêt de se régénérer. Les ouvertures créées dans la forêt permettent à la lumière de pénétrer jusqu'au sol et aux plantes, arbustes et petites épinettes de pousser.
De plus, le bois mort laissé sur place sert de nourriture et d'abris à de nombreuses espèces (champignons, insectes, oiseaux) et vient enrichir le sol en se décomposant. C'est donc un phénomène qui fait partie du cycle naturel de la forêt.